По окончанию первой трилогии произошло много изменений. Родная планета Jak и Daxter погибает из-за нехватки светлой энергии. Для спасения друзьям приходится объединиться с Кирой и отыскать оборудование древних, с помощью которого можно спасти любимую планету.
   Сражаясь с воздушными пиратами, Jak и Daxter понимают, что путешествие ведёт за грань, где им придётся вступить в самую грандиознейшую битву.